Nasce in Germania nel 1935, nella regione della Frisia settentrionale (Nordfriesland). Nel 1953, all'età di 18 anni, consegue la maturità e comincia i suoi studi di medicina e teologia all'Università di Tübingen. A 22 anni supera l'esame di teologia e a 24 anni supera l'esame statale di medicina a Marburg in Germania. Nel 1961 riceve l'abilitazione a praticare come medico, che perderà nel 1986. Deposita alcuni brevetti, soprattutto relativi alla chirurgia plastica: lo "scalpello Hamer" e un tavolo che si adatta automaticamente ai contorni del corpo.

Nel 1978 il figlio Dirk viene colpito con una fucilata apparentemente proveniente dall'arma di Vittorio Emanuele di Savoia mentre si trova in vacanza all'isola di Cavallo, in Corsica, e muore dopo quattro mesi di agonia. I processi si protrarranno per molti anni ma Vittorio Emanuele sarà in seguito assolto da ogni accusa con una sentenza molto controversa (recentemente, in prigione, lo stesso Vittorio Emanuele ha ammesso la propria responsabilità circa l'omicidio del giovane Dirk).

In seguito a questi episodi, in un primo tempo Hamer ipotizza che il cancro sia causato da traumi, che chiama "conflitti biologici"; in seguito elabora una teoria secondo la quale tutte le malattie sono causate da traumi di questo tipo e possono essere curate soltanto risolvendo questi "conflitti biologici". Denomina la sua ipotesi sindrome di Dirk Hamer (in inglese Dirk-Hamer-Syndrome o DHS) e chiama le sue teorie mediche alternative Cinque Leggi Biologiche.

Hamer sostiene di aver confermato e documentato le sue ipotesi in tutti i casi da lui esaminati, circa 30.000, ma non ne ha mai fornito le prove sperimentali secondo il metodo scientifico, né i suoi risultati sono mai stati confermati da parte indipendente.
È stato indagato diverse volte per cattiva pratica medica, che secondo le accuse, avrebbe causato la morte di alcuni suoi pazienti.

Nel 1986 è stato radiato dall'ordine dei medici dal tribunale distrettuale di Coblenza per omessa assistenza medica; da quel momento in poi ha continuato a praticare la professione abusivamente in diversi paesi.

Nel 1997 è stato arrestato la prima volta a Colonia e condannato a 19 mesi di reclusione, scontandone 12.

Si è poi trasferito all'estero, sfuggendo così ad un nuovo mandato di cattura.
È stato nuovamente arrestato in Spagna e dal settembre 2004 stava scontando in Francia una pena di tre anni di reclusione per frode e esercizio abusivo della professione medica. E stato rilasciato il 16 febbraio 2006